Sin embargo, existen diferentes valles donde se cultiva la vid en Baja, siendo los más importantes los valles de Las Palmas en el municipio de Tecate, Valle de Calafia, Valle de Ojos Negros, Valle de San Vicente y Valle de Guadalupe. Este último es reconocido por su gastronomía y como uno de los destinos turísticos más importantes del país. Sus condiciones climáticas presentan episodios de calor extremo, fuertes vientos y una amplitud térmica que hace que las plantas tengan bajos rendimientos. Esto permite que los vinos tengan una buena concentración y expresión. 

Por otro lado, el valle de Ojos Negros tiene una altitud de 750 metros sobre el nivel del mar, lo que genera un clima un poco más frío que el resto de los valles. Estas condiciones permiten el cultivo de variedades que no toleran mucho calor, con notas frutales, sin tener graduaciones alcohólicas altas y con un mayor equilibrio entre acidez y frescura. 

En la parte norte del estado se encuentra el Valle de Palmas, en Tecate, que se caracteriza por sus suelos minerales y clima templado. Esto es favorable para el cultivo de vides de alta calidad y variedades que requieren más cuerpo y estructura.